A quanto detto dagli altri (Wehrmacht= esercito+aviazione, SS= organizzazione politica paramilitare originariamente guardia del corpo di Hitler durante gli anni della lotta politica, Gestapo = polizia segreta) aggiungo che la Gestapo (che significava "polizia segreta di Stato) originariamete era una branca della Poliza (come in molti stati di diritto) ma quando questa fu assorbita nelle SS (1934, ci furono lotte di potere tra i gerarchi nazisti che non ti sto a raccontare) anche la Gestapo divenne una parte delle SS.
Stranamente quasi nessuno ti citato il fatto che le SS ebbero un loro esercito parallelo (quindi prettamente militare, non paramilitare), le Waffen-SS: originariamente di tre reggimenti, crebbe fino a contare decine di divisioni.
Non so bene cosa vuoi sapere con l'organigramma, comunque Internet è piena di schemini, inoltre una buona fonte è www.axishistory.com se capisci l'inglese.
La Wehrmacht dipendeva originariamente dal ministero della Guerra, poi dall'OKW, il "comando generale delle Forze armate" (traduzione non letterale), direttamente comandato da Hitler. Va però detto che OKW e OKH (il comando generale dell'Esercito, che, in teoria, dovrebbe essere subordinato al comando generale delle forze armate) agirono in parallelo e in maniera non gerarchica, sui vari fronti.
Le SS dipendevano dal loro comandante (Himmler), erano divise in varie branche ed erano amministrate da una complessa organizzazione burocratica suddivisa in vari uffici tra cui il FHA (il comando militare delle Waffen-SS, anche se le operazioni sul campo erano soggette all'OKW e all'OKH), il RSHA (l'ufficio sicurezza, da cui dipendevano la Gestapo ed altri organi di "sicurezza") e l'ufficio della polizia regolare (che fu militarizzata ed ebbe parte rilevante nella Shoah).
Sul territorio le decisioni erano prese dai vari "SS- und Polizeiführer" (che al massimo dell'espansione tedesca erano una dozzina) da cui dipendevano altri comandanti distrettuali minori (mi sembra che ci fossero tre livelli, ma non ho voglia di cercare l'informazione), che rispondevano direttamente dal Ministero delle SS (cioè Himmler, che rispondeva ad Hitler). Il SS- und Polizeiführer aveva al proprio comando tutte le SS, inclusa la Gestapo e le Waffen-SS (tranne, ovviamente quelle impegnate in combattimenti). Non sono sicuro ma credo che le SS dei campi di concentramento (SS-totenkopfverbande: le famigerate "teste di morto") dipendessereo direttamente dal loro ufficio e non fossero a disposizione del führer distrettuale.
Quanto a dire quale fu più importante... sarebbe un po' come chiedersi se è più importante l'esercito, i carabinieri o la DIGOS.
Sicuramente le SS ebbero un'importanza smisurata rispetto a quello che originariamente erano, e non riesco a tracciare paralleli con nessun altra organizzazione di nessun altro Stato che conosco, ma più importanti dell'esercito? Le due organizzazioni erano in aperto contrasto, e se all'esercito venne non solo concesso di continuare ad esistere come entità esterna al partito nazista ma addirittura venne offerta la testa delle SA (la "notte dei lunghi coltelli") significa che la sua importanza era assolutamente primaria.
EDIT:
credo vada ribadito il fatto che le SS erano la guardia del corpo di Hitler solo originariamente: con la presa del potere crebbero di importanza e funzioni. In pratica divennero la "longa manus" del Partito Nazista e di Hitler, uno Stato parallelo (ma che in molti apsetti critici si sostituì allo Stato tedesco), completamente nazistificato.
Solo un piccolo nucleo, il "Leibstandarte", mantenne la funzione di Guardia del Corpo di Hilter (anche se poi venne espanso fino a diventare una divisione corazzata combattente).